Iontový součin (produkt) vody je číslo, které udává následující: je to koncentrace ionizovaných molekul vody ve zcela čisté vodě je to součin koncentrací hydroxylových iontů a protonů, které vznikají ionizací molekul vody. Disociace kyseliny iontový součin snižuje je to rovnovážná konstanta disociace vody.
Co se děje, když se do vody dostane hydrofobní molekula? Zvýší se entropie Sníží se entropie .
Hydrofobní molekuly se shlukují ve vodě klesne entropie vzroste entropie protože interakce mezi molekulami vody jsou větší než mezi vodou a tou látkou protože se navzájem přitahují síla kyseliny je určena její Ka slabé kyseliny plně disociují .
Amfipatické sloučeniny se ve vodných roztocích shlukuíj –vytvářejí micely a amfipatické vrstvy je to především díky kombinaci hydrofobních interakcí mezi nepolárními částmi molekul a interakcí jejich polárních skupin s vodou je to především díky afinitě nepolárních částí molekul vůči sobě, která se projevuje ve všech typech rozpouštědel je to především díky vodíkovým můstkům, které se vytvářejí mezi CH2 a CH3 alifatických řetězců sloučenin je to předevšim díky tvarové komplementaritě alifatických řetězců, které se….
Co představuje sekvence (Gly-Pro-Hyp) elastin kolagen fibroin keratin .
Co stabilizuje sekundární strukturu proteinů? alfa helix - vodíkové můstky mezi CO a NH skupinou se opakují každé 4 jednotky alfa helix – vodíkové můstky mezi CO a NH skupinou se opakují každé 3 jednotky beta list - vodíkové můstky mezi CO a NH skupinou beta list - vodíkové vazby mezi CO a NH skupinou se opakují každé 2 jednotky .
Konformace proteinů je jen jedna možná nativní se dosahuje působením enzymů – chaperonů se mění v průběhu enzymatického cyklu je ovlivněna pH .
Jaké transportní systémy jsou přítomny na vnitřní mitochondriální membráně antiport ATP-ADP antiport NAD+/NADH translokátor pro karnitin antiport malát-aspartát systém pro transport oxalacetátu systém pro antiport glycerol-3-P/dihydroxyaceton-3-P systém pro transport malátu přenášeč pro glukózu.
Která dvojice enzymů je regulována jednou látkou s reciprokým efektem fosfoenolpyruvát karboxykinasa a pyruvátkinasa fruktosa 1,6 bisphosphatasa a fosfofruktokinasa glukosa 6 fosfatasa a glukokinasa glukosa 6 fosfatasa a hexokinasa .
Co je správně v játrech fruktóza fruktokinazou na fruktóza 6 fosfát galaktosa hexokinasou na galaktosa 6 P fruktosa ve svale na fruktóza-6-fosfát manosa hexikinasou na manóza-6-fosfát pyruvátkarboxyláza protonizuje vodíkem z C2 thiazoliového kruhu (thiamindifosfát je koenzym) C2 pyruvátu a odštěpí CO2, vzniklý aldehyd je redukován aldonové kyseliny vznikají slabší oxidací oxo skupiny cukru (na C1), alduronové kyseliny vznikají oxidací primární hydroxyskupiny (na C6)-z CH2OH na COOH. chitin je beta(1-4) N-acetyl D glukosamin polymer.
Cytochrom c funkčně spojuje komplex II a komplex IV přenáší právě jeden elektron dokáže přenášet jen jeden elektron najednou Má standardní redukční potenciál E0(V) větší než cytochrom a3 Funkčně spojuje komplex II dýchacího řetězce Interaguje s komplexem IV dýchacího řetězce na vnitřní mitochondriální straně redukční potenciál E°,(V) větší než cytochrom a3 interaguje s komplexem IV dýchacího řetězce na vnitřní mitochondriální membráně může najednou přenášet pouze dva elektrony.
Cytochrom c je součástí řetězce transportu elektronů v mitochondriích. Cytochrom c je součástí transmembránového komplexu cytochrom-oxidasy (komplexu IV), spolu s cytochromy a a a3 je součástí transmembránového komplexu ubichinol-cytochrom c-reduktasy (komplex III), spolu s cytochromy b a c1 není membránovým proteinem obsahuje železo, a to jako součást hemové prostetické skupiny.
Komplex cytochrom C oxidázy v dýchacích řetězci mitochondrií katalyzuje Přenos elektronů z cytochromu C na kyslík v aktivním centru cytochromu C Přenos elektronu z cytochromu C na kyslík v aktivním centru. Elektron je využit za vzniku molekuly vody Transport proteinů z vnější strany vnitřní mitochondriální membrány na stranu vnější...protony využity ke vzniku molekuly vody Vznik 2 molekul vody postupnou redukcí molekulového kyslíku v aktivním centru. Protony pocházejí z NADH + H+ nebo z FADH2.
Stabilita proteinů iontové síly přispívají hodně, protože jsou silné vodíkové můstky jsou slabé, a proto přispívají málo elektrostatické síly přispívají hodně hydrofobní interakce jsou slabé a přispívají proto ke stabilitě proteinů málo.
Transaminace mají nezastupitelnou úlohu v metabolismu aminokyselin. Tyto enzymy ( A – NH2 + B vznikne A+B-NH2) Vytvářejí Schiffovu bázi mezi koenzymem a aminokyselinou enzymu Vytvářejí Schiffovu bázi mezi koenzymem a substrátem Vyžadují vazbu obou kyselin na enzym současně Využívají mechanismus, při kterém spolu substráty na povrchu enzymu přímo neinteragují.
Insulin stimuluje vstup glukosy do svalových buněk vstup glukosy do jaterních buněk syntézu glykogenu v játrech prostřednictvím fosforylace glykogensynthasy syntézu glykogenu v játrech prostřednictvím aktivace proteinkinasy A.
Odbourávání mastných kyselin s dvojnými vazbami v molekule vyžaduje přítomnost dodatečných enzymů, navíc k těm, které v dráze beta-oxidace fungují pro mastné kyseliny nasycené. Navíc musí být k dispozici specifická thiolaza specifická reduktasa specifická hydratasa specifická isomerasa .
Místem substrátové fosforylace (fosforylace ADP na ATP) v glykolýze je reakce: hexokinasy fosfofruktokinasy glyceraldehyd-3-fosfátdehydrogenasy pyruvátkinázy fosfoglycerátkinasy .
Kyselina močová kyselina močová je u plazů, ptáků a primátů posledním krokem degradace purinu u člověka degradována až na močovinu u vodních bezobratlých a ryb až na NH3.
Do glykolýzy mohou vstupovat různé hexosy galaktóza je fosforylována galaktokinasou na galaktosu-6-fosfát, který je substrátem hexosafosfátizomerasy fruktóza je ve svalové tkáni substrátem hexokinasy a tak vzniká přímo fruktosa-6-fosfát fruktóza je v játrech substrátem fruktokinasy a tak vzniká přímo fruktosa-6-fosfát fruktóza je v játrech substrátem fruktokinasy a tak vzniká fruktosa-1-fosfát, který je substrátem fosfofruktokinasy.
Nukleofilní skupiny jsou hydroxylová amino protonizovaná iminoskupina imidazolová skupina .
Koenzym Q přenáší elektrony mezi komplexem I a III přenáší elektrony mezi komplexem II a III v rámci Q-cyklu přenáší 2 protony na každý elektron přenesený na cytochrom c1 v rámci Q-cyklu přenáší jeden proton na každý elektron přenesený na cytochrom c1 .
S-adenosyl-methionin (SAM) slouží jako donor při biosyntetických methylacích Po methylaci může být SAM regenerován v reakcích zahrnujících N5 – methyltetrahydrofolát jako zdroj methylové skupiny. Jelikož SAM vzniká jako meziprodukt při odbourávání methioninu, může z něj vzniknout sukcinyl –CoA. SAM funguje při syntéze fosfatidylethanolaminu z fosfatidylcholinu SAM funguje při syntéze adrenalinu z noradrenalinu.
Katabolismus purinů končí kyselinou močovou u plazů alantoinem u všech savců s vyjímkou primátů alantoovou kyselinou u kostnatých ryb močovinou u kostnatých ryb amoniakem u mořských bezobratlých.
Fosforylace: se děje na zbytcích Cys, Ser a Tyr za spotřeby ATP jí dělají kinázy defosforylací se už ATP nedá získat mění izoelektrický bod .
Při jedné otočce cyklu kys. сitronové vznikne 2X CO2 , 1X GTP, 3x NADH, 1x FADH2 1x CO2, 1x GTP, 2x NADH, 2x FADH2 3xCO2; 1x GTP; 3 x NADH; 2x FADH2 2x CO2, 2 X GTP; 3x NADH, 1x FADH2.
Q-cyklus se uplatnuje při přenosu elektornů v rámci cytochrom-oxidázy rotaci pohyblivé části komplexu F0aF1 ATP- syntázy reakcích komplexu III postupné redukci molekly kyslíku na vodu redukci kyslíku na vodu na komplexu IV dýchacího řetězce pumpuje protony za současné redukce O2 na H2O.
Enzymy ubichinon se využívá v enzymech 1. třídy kyselina lipoylová v enzymech 2 třídy.
Acetyl CoA je tvořen v mitochondriích oxidativní dekarboxylací pyruvátu β-oxidací mastných kyselin v reakcích Krebsova cyklu v reakcích pentózové dráhy.
Pyruvátdehydrogenázový komlex k dekarboxylaci dochází po přenosu substrátu na lipoyllysylové rameno k dekarboxylaci dochází po přenosu substrátu na thiamindifosfát po přenosu meziproduktu na CoA (za vzniku acetyl-CoA) se uvolňuje lipoyllysylové rameno v redukované formě a musí být reoxidováno po přenosu meziproduktu na CoA (za vzniku acetyl-CoA) se uvolňuje lipoyllysylové rameno v oxidované formě a musí být redukováno je na E2, CoA navazuje v částečně redukovaném stavu a po jeho odevzdání (a vzniku Acetyl-CoA) je v redukovaném dihydrolipoamidovém stavu, E3 jej pak oxiduje do lipoamidové formy.
Která tvrzení o cholesterolu jsou pravdivá jeho prekurzorem je β-hydroxy-β-methylglutaryl-CoA (HMG-CoA) všechny jeho uhlíky pocházejí z acetylu skvalen je složen z 8 izoprenových jednotek je přítomen v plasmatické membráně je prekurzorem vitaminů je z 57 jednotek.
Vodíkový můstek má větší energii než kovalentní vazba má kratší délku, než je součet vanderwaalsových poloměrů zúčastněných atomů.
Elektrony z komplexu I elektron-transportního řetězce jsou předávány na koenzym Q10 (=CoQ) na komplex II, poté na koenzym Q10 na koenzym Q10, poté na komplex na II a pak na CoQ na III a pak na CoQ na CoQ a pak na II.
Posuďte pravdivost následujících výroků změna redoxního potenciálu závisí na redukčních potenciálech dílčích reakcí Ea a Eb podle vztahu ∆E= Ea + Eb pozitivní hodnota standartního redoxního potenciálu indikuje spontánní průběh reakce ∆G = -nF∆E ∆G = -RT∆E .
Vysoké hladiny citrátu v buňce signalizují dostatek energie proto citrát alostericky aktivuje karboxylasu acetyl-CoA proto citrát snižuje aktivitu pentosofosfátové dráhy proto citrát alostericky aktivuje malátdehydrogenasu proto citrát v játrech snižuje vstup glukosy do buněk.
Elektrofilní jsou aminoskupina kationtový imin kovové ionty karbonový atom SH-sulfyhydroxyl protony.
Proč jistá ryba z Antarktidy nemá hemoglobin protože ve studené vodě není potřeba kyslík má jiné barvivo nepotřebuje jej, protože ve studené vodě je kyslík dobře rozpuštěn.
Oxidace monosacharidů – kyseliny aldonové a uronové – Aox + Bred = Ared + Box – platí je li ∆E > 0 probíhá reakce samovolně E = -nF∆G E = nF∆G ΔG = -nFΔE .
Co vzniká heterolytickým a homolytickým dělením vazby C-H: při heterolytickém štěpení vzniká karbaniont a H+, toto štěpení je nejčastější v živých soustavách při homolytickém štěpení vzniká karbaniont a H+, toto štěpení je nejčastější v živých soustavách při homolytickém štěpení vzniká dvojice radikálů při heterolytickém štěpení vzniká karbkationt a H-, především je-li přítomen FAD .
Který enzym se účastní reakce, při které vzniká ribosa-5-fosfát ribulosa-5-fosfát isomeráza xylulosa-5-fosfát epimeráza fruktosa-6-fosfát a GAP transketoláza sedoheptulosa-7-fosfát transaldoláza a erythrosa-4-fosfát transaldoláza
.
Vyberte správné tvrzení o O-glykosidické a N-glykosidické vazbě sacharidu na protein N-glykosidická vazba je nejčastěji na argininu a histidinu O-glykosidická vazba je nečastěji na asparaginu sacharidy vázané O-glykosidickou vazbou se vážou nejčastěji na p sacharidy vázané O-glykosidickou vazbou se váží nejčastěji na aspartát O glykosylace probíhá na Met, Cys N-glykosidicky vázané oligosacharidové struktury začínají většinou beta acetylglukosaminem N-glykosidická začíná 3-N-neur. Acid N-glykosidická vazba je Asn, X, Ser/Thr N glykosylace probíhá na Asn.
D-glukosa a D-ribosa se liší D-ribosa má o jeden uhlík méně přítomností redukujícího uhlíku schopností tvořit intramolekulární hemiacetal.
FAD se využívá v mitochondriích místo NADH, který není možno přenášet přes mitochondriální membránu je využíván v mitochondriích při malát-aspartátovém cyklu když je potřeba přenést 2e- a 2H+ pomoci FAD, NAD přenáší 2e- a 1H+ .
Počet chirálních center v ribose se sníží fosforylací přidáním nějaké skupiny záměnou OH za H linearizací.
Počet asymetrických center v molekule ribózy se sníží: fosforylací spojením cukru s jinou molekulou prostřednictvím N-glykosidické vazby redukcí (odstraněním -OH na asymetrickém uhlíku vznikem lineární formy cukru.
Myoglobin se od hemoglobinu odlišuje: má hem pevně vázaný v globinu má větší afinitu k O2 má FeII má Fe kovalentně vázané v porfyrinu.
Hillova rovnice - několik vět o tom, něco jako když je n=4, tak pro Mb je graf lineární pro Hb je n = 2,8 pro Hg je n = 1.
Co se uplatňuje v glukoneogenezi: konverze malátu na oxaloacetát štěpení ATP PEPCK izocitrát lyáza .
Při srpkovité anémii se vymění Val6 za Glu6, což způsobí: hemoglobin váže O2 při nízkém pO2 hemoglobin kyslík pevně naváže a nemůže ho ,,odvázat“ není stíněn náboj železa.
Na 1 mol přijatého O2 připadá 0,8 molů CO2 v těle. Kam se váže CO2 na hemoglobin na NH3+ konce + na COO- konce Cl- jde do erytrocytů a HCO3 - jde z erytrocytů ven váže se ve formě HCO3- Cl- jde do erytrocytů a NCO3- jde do erytrocytů ven váže se ve formě CO3-.
Co probíhá nebo vzniká oxidačními reakcemi v pentosafosfátové dráze: NADPH a glyceraldehyd-3-fosfát oxidativní dekarboxylace aldolázové štěpení.
Enzym malát dehydrogenáza patří do enzymové třídy izomerázy oxidoreduktázy ligazy transferázy.
Inhibice sukcinát dehydrogenázové reakce malonátem je příklad inhibicee Kompetitivní nekompetitivní akompetitivní malonát tuto reakci neinhibuje.
Graf Lineweaver-Burk (dvojitě reciproký výnos), rovnice neinhibovaných a inhibovaných reakcí kompetitivní – protnou se na ose x akompetitivní – protnou se na ose y akompetitivní – protnou se v nekonečnu kompetitivní – protnou se na ose y .
Glykolýza jako metabolické dráha závisí na existenci enzymově katalyzovaných reakcí. Touto reakcí je: tautomerizace produktu reakce pyruvát kinázou hydrolýza pyrofosfátu na anorganický fosfát tautomerizace glycerolfosfátu na glyceraldehydfosfát izomerace 1,3 a 2,3 bisfosfát .
Ketonové látky a jejich životní role v organismu Ketonové látky zejména acetoacetát a D-3- hydroxybutyrát jsou generovány především v jaterních mitochondriích. Ketonové látky acetoacetát a D-3- hydroxybutyrát jsou vytvářeny z acetyl-CoA Ketonové látky (…..) jsou vytvářeny ze Sukcinyl-CoA Ketonové látky acetoacetát a D-3- hydroxybutyrát, který vzniká redukcí acetoacetátu jsou využívány jako zdroj energie svalovou tkání ale hlavně mozkovou tkání.
Při katabolismu některých aminokyselin se uplatňuje dehydrogenace, při které s pomocí FAD vzniká dvojná vazba, následovaná hydratací a dehydrogenací za pomoci NAD+. Posuďte, zda k nim následující aminokyseliny patří I R V T.
Biologicky významné sacharidy cyklizují ve vodném roztoku za vzniku hemiketalů či hemiacetalů Mutarotace je proces, kterým spontánně přechází hemiketal v hemiacetal Mutarotace je proces, kterým spontánně přechází alfa anomer, který je méně stabilní, v beta anomer Mutarotace je proces, kterým spontánně dochází k ustanovení rovnováhy mezi beta a alfa-anomerem Mutarotace neprobíhá u redukujících sacharidů.
Když měříme Km a Vmax, musí být splněné podmínky rychlost vzniku ES musí růst d[ES]/dt~0
[S] je blízká stavu v t=0 a P přibližně 0 rychlost vzniku/koncentrace [ES] a [ES‡] musí být stejné
.
Pro oxidačně redukční děje platí: A(ox)+B(red) <---> A(red)+B(ox) Δ E=E(A) + E(B) je-li ΔE0 >0, reakce probíhá samovolně E=-nFΔG E=nfΔG X (ne - nfΔ E = ΔG).
Ionty Ca2+ se účastní regulace metabolismu alostericky aktivuji protein kinasu A váže se na delta (δ) podjednotku kinasa fosforylasy alostericky aktivují glykogensyntasu aktivují glykogensyntasu prostřednictvím calmodulin dependentní kinasy váže se na delta podjednotku foskorylasykinázy.
Proteiny Ca2+ se účastní regulace metabolismu glykogenu ve svalu tak, že aktivují prostřednictvím kalmodulinu protein kinasu A – PAK alostericky aktivují glykogensynthasu se váží na δ-podjednotku kinasy fosforylasy aktivují glykogensynthasu prostřednictvím kalmodulin-dependentní proteinkinasy.
Z následujících aminokyselin vyberte takové, které jsou všechny katabolizovány na společný meziprodukt Krebsova cyklu Ala, Leu, Ile, Met G, S, Q, N Lys, Leu, Ser, Cys P, E, N, R.
Jaké amk najdeme v elastinu: lysin cystein glycin alanin prolin valin leucin.
Výnos závislosti log (YS/(1-YS)) na log[S], kde [S] je pO2 a Y je frakční saturace Hb kyslíkem, poskytuje užitečnou informaci o vlastnostech hemoglobinového tetrameru. O hodnotě Hillova koeficientu můžeme říci, že: bude konstantní pro všechny hodnoty Y a bude odpovídat míře kooperativity, s jakou váže Hb kyslík poroste lineárně s růstem Y a při Y = 0.50 dosáhne hodnoty 4 bude konstantní pro všechny hodnoty Y a bude rovno 4 pro hemoglobin (hodnota pro myoglobin bude při analogickém výnosu 1) bude rovno 1 pro Y blízká 0, jakož i pro Y blízká 1 .
Vazba O2 na myoglobin se liší od vazby O2 na hemoglobin v tom, že kyslík se váže na železo v myoglobinu koordinační vazbou v případě myoglobinu dochází ke změně mocenství železa v případě myoglobinu není závislá na pH v případě myoglobinu je Hillův koeficient je roven 1, v případě hemoglobinu je >1 +.
Jak se přenáší CO2 v organismu? ve formě karbamátu na N konce krevních proteinů HCO3 a trošku je rozpuštěno v krevní plazmě CO2.
Kcat je to poměr maximální rychlosti reakce a koncentrace enzymu něco s vmax/2 něco s vmax udává počet molekul přeměněných za minutu .
Pokud ΔG = 0, pak: K' = 1 jsou-li výchozí/rovnovážné koncentrace jednotkové, reakce neprobíhá G' = 2,303RTlogK' .
Z jakých sloučenin můžeme získat ATP glukóza-6-fosfát kreatinfosfát fosfoenolpyruvát.
FAD se, narozdíl od NAD+, nachází tam, kde dochází k oxidaci alkan – alken je potřeba přenést 2 protony a 2 elektrony .
Co je pravda o koenzymech THF přenáší jednouhlíkaté zbytky TPP přenáší aldehydovu skupinu .
Čím jsou dané jednotlivé krevní skupiny oligosacharid vázaný na membránovém proteinu oligosacharid vázaný na lipidu .
ΔG = ΔG0+RTlnK při jiné teplotě T se změní ΔG standardní stav ΔG0 je definován pro konkrétní pH změna koncentrace podle výše uvedené definice změní ΔG změna koncentrace enzymu by mohla snížit maximálně ΔG .
Rozdíly metabolismů mastných kyselin při syntéza a degradaci v živočišné buňce: Syntéza probíhá v cytosolu, degradace v mitochondriích. Aktivace mastných kyselin pro degradaci ovšem probíhá v cytosolu. Syntéza využívá NADP a FADP, degradace využívá NAD a FAD Při degradaci vzniká L-beta- hydroxyacylová skupina, při syntéze je to D-beta-hydroxyacylová skupina. Acetyl-CoA-karboxylasa se účastní degradace jako monomerní enzym, syntézy jako oligomerní enzym.
Tvorba deoxoribosových nukleotidů. Posuďte správnost těchto tvrzení tvorba probíhá syntézou de novo s využitím deoxyribosy tvorba probíhá redukcí odpovídajících ribonukleotidů ribonukleotid- reduktasami deoxynukleotid obsahující thymin vzniká methylací dUTP deoxynukleotid obsahující thymin vzniká methylací dUMP.
enzymy snižují aktivační energii reakce prodlužují životnost přechodného komplexu zvyšují V0 , ale neovlivní VM .
Do které třídy enzymů patří hexokináza Lyázy Transferázy Ligázy Oxidoreduktázy.
ΔG katalyzované reakce: ΔG souvisí s rychlostí reakce ΔG souvisí s rovnovážnou koncentrací ΔG souvisí se změnou aktivační energie.
Alespoň jeden anomerní uhlíkový atom v následujících sacharidech není součástí glykosidické vazby, ani není oxidován. Vyberte molekulu, pro kterou toto tvrzení platí: kyselina glukuronová kyselina N-acetylmuramová maltóza sacharóza .
Aldonové i uronové kyseliny jsou biologicky velmi významné složky mukopolysacharidů i proteoglykanů. Posuďte správnost tvrzení: karboxylová skupina aldonových kyselin vzniká mírnou oxidací aldehydové skupiny příslušných aldóz karboxylová skupina uronových kyselin vzniká oxidací keto skupiny odpovídajících ketóz karboxylová skupina kyseliny D-glukuronové je na místě primární alkoholové skupiny na C6 pyranosové či furanosové formy uronových kyselin se nazývají laktony oxidací na C1 cukru slabými oxidačními činidly vznikají aldonové kyseliny oxidací na C6 cukru silnými oxidačními činidly vznikají uronové neboli alduronové kyseliny laktony vznikají cyklizací jedné z těchto kyselin s nějakou OH skupinou stejného řetězce glukuronová kyselina vzniká oxidací alkoholové skupiny na C6 na karboxylovou tvorbou pyranóz a furanóz u uronových kyselin vznikají laktony.
Glykolýzu lze charakterizovat jako dekarboxylaci dehydrogenaci dehydrataci .
Posuďte pravdivost následujících tvrzení o aldolasové reakci v glykolýze. Mějme na mysli aldolasy třídy I u živočichů. substrátem je hexosa, která dává vznik dvěma aldotriosám, substrátem je fruktosa-1,6-bifosfát, který vytváří Schiffovu bázi (iminiový kationt) s enzymem, substrátem je fruktosa-1,6-bifosfát, přičemž fosforylace na obou uhlících je nezbytná pro aldolasy I.A, při katabolismu fruktosy v játrech je přítomna aldolasa I.B, která štěpí fruktosu-1-fosfát.
Průběh štěpení aldolázami štěpení Fru-1,6-P2azy, vytváření Schiffovy báze s enzymem štěpení Fru-1,6-P2azy pomocí aldozy I A něco o aldóze I B.
F0F1-ATPáza...jak probíhají reakce, když je obrácena v mitochondriální membráně opačným směrem? když nefunguje protonový gradient a dodáme do vnějšího (intermembránového) prostoru ATP, bude probíhat její degradace(na ADP) a FOF1-ATPáza se bude točit obráceným směrem když nefunguje protonový gradient a dodáme do vnějšího (intermembránového) prostoru ATP, bude probíhat její degradace(na ADP) a FOF1-ATPáza se bude točit stejným směrem nefunkční protonový gradient, ale ATP z vnější strany mitochondriální membrány bude přenášena dovnitř mitochondrie a poté teprve reakce s FOF1-ATPázou bude funkční protonový gradient, [H] in>[H] ex a ATP bude vznikat z ADP a P na alfa, beta podjednotkách.
Oxidace nenasycených mastných kyselin, například kyseliny linolové, vyžaduje přítomnost dvou enzymů (navíc k enzymům přítomným) – které to jsou isomerasa, která transformuje 3,4-cis,6,7-cis enoyl CoA na 2,3-trans,6,7-cis enoyl CoA isomerasa, která transformuje 3,4-cis,6,7-cis enoyl CoA na 2,3-trans,7,8-trans enoyl CoA specifickou hydratasu, která transformuje 2,3-cis enoyl CoA na D-3-hydroxyacyl CoA specifickou epimerasu, která transformuje D-3-hydroxyacyl CoA na L-3-hydroxyacyl CoA.
S-adenosylmethyonin – SAM slouží jako donor při biosyntetických methylacích vzniká při degradaci methioninu ano se účastní methylace adrenalinu při vzniku noradrenalinu je methylován N5,N10-methionin THF SAM funguje při syntéze adrenalinu z noradrenalinu obsahuje adenin a atom síry poskytuje methylovou skupinu poskytuje thiolovou skupinu po methylaci může být SAM regenerován v reakcích zahrnujících N5 – methyltetrahydrofolát jako zdroj methylové skupiny Jelikož SAM vzniká jako meziprodukt při odbourávání methioninu, může z něj vzniknout sukcinyl –CoA Jelikož SAM vzniká jako meziprodukt při odbourávání methioninu, může z něj vzniknout acetylCoA.
Mezi vlastnosti vody patří nízké výparné teplo vzhledem k počtu vodíkových můstků led má nízkou hustotu, protože má méně vodíkových můstků hmyz na ní může bruslit, protože má vysoké povrchové napětí jsou v ní vyšší iontové interakce než ve vakuu velké povrchové napětí vyšší elektrostatické interakce ve vakuu .
N-glykosylace spojení NH skupiny asparaginu s C1 cukru, většinou N-acetylgukosaminu spojení přes amidovou/aminovou skupinu vzniká spojením NH2 skupiny aspartátu s C1 cukru, většinou N-acetylglukosaminu vzniká propojením N a COOH vazba cukru probíhá prostřednictvím NH2 skupiny argininu, nejčastěji v beta konfiguraci vazba cukru, nejčastěji N-acetylglukosaminu, probíhá prostřednictvím acetylu na C2 a NH2 skupiny na proteinu vazba cukru probíhá prostřednictvím COOH skupiny asparaginu vazba cukru probíhá prostřednictvím amidové NH2skupiny asparaginu vazba cukru probíhá prostřednictvím OH skupiny serinů nebo theoroninu účastní se jí asparagin v motivu Asn-X-Ser/Thr.
Některé významné reakce jsou katalyzovány multienzymovými komplexy V rámci citrátového cyklu je takovým komplexem oxoglutarát-dehydrogenázový komplex
d) Součástí komplexů dýchacího řetězce je malát – dehydrogenázový komplex Základní enzymové aktivity komplexu syntézy mastných kyselin jsou součástí jednoho proteinového řetězce Enzymové aktivity fosfofruktokinasy i fruktosa 1,2 – bisfosfatasy jsou součástí jednoho proteinového řetězce.
Správné tvrzení
NADH v cytoplazmě přenáší e- rovnou na komplex I v membráně NADH přenáší e- do oxid. řetězce přes glycerolfosfátový a malát-aspartát shuttle z matrix pak předává e- přes komplex I komplex III přenese 2H+ na každý e- z Koenzymu Q (CoQ) NADH přenáší e- do oxid. řetězce přes glycerolfosfátový a malát-aspartát shuttle.
Posuďte následující tvrzení, týkající se monosacharidů Existenci epimerů lze ilustrovat na příkladu glukosy a galaktózy Enantiomery se liší směrem, ve kterém rotují rovinu polarizovaného světla Alfa – D – glukoza má centrum asymetrie na C1 beta – D-glukosa má centrum asymetrie na C2.
Molekula purinu při syntéze purinových nukleotidů de novo je vytvářena z (bezprostředních) prekurozorů glutaminu aspartátu glutamátu glycinu.
Adipocyty slouží k ukládání a případnému opětnému mobilizování tukových zásob. O původu molekul triacylglycerolů v adipocytech lze říci byly syntetizovány v játrech z volných mastných kyselin byly syntetizovány v adipocytech z volných mastných kyselin byly absorbovány ve střevě a přeneseny k adipocytům prostřednictvím chylomikronů byly syntetizovány z mastných kyselin, které byly vytvořeny de novo v játrech.
Hodnota elektronegativity je mírou schopnosti atomu přitahovat elektron hodnota elektronegativity roste v rámci period periodické tabulky vazba mezi 2 atomy s rozdílnými hodnotami elektronegativit vykazuje asymilaci distribucí elektronů podél vazby rozdíl hodnot elektroneg. mezi atomy C a H je menší než mezi atomy O a H hodnota elektronegativity klesá v rámci period periodické tabulky.
Fe má jako kofaktor cytochrom oxidáza sukcinát dehydrogenáza citrát syntáza.
Unikátní vlastností biologických membrán jsou založeny na přítomnosti řady amfipatických molekul: fosfatidylinositoly obsahují inositol esterifikovaný dvěma mastnými kyselinami fosfatidylcholiny obsahují glycerol esterifikovaný dvěma mastnými kyselinami sfingolipidy obsahují aminoalkohol sfingosin esterifikovaný dvěma mastnými kyselinami lysofosfolipidy vznikají z fosfolipidů působením fosfolipázy C lysofosfolipidy vznikají z fosfolipidů působením fosfolipázy A.
Pentosafosfátová dráha je zdrojem redukčních ekvivalentů i cukerných prekursorů pro syntézu nukleových kyselin Při oxidačních reakcích vzniká NADPH a glyceraldehyd – 3- fosfát Při oxidačních reakcích dochází k aldolázovému štěpení Při oxidačních reakcích dochází k dekarboxylaci Při oxidačních reakcích vzniká deoxy – ribosa- 5-fosfát.
Atom síry je v R skupinách následujících aminokyselin tryptophanu serinu cysteinu methioninu.
Parametry alfa-helixu jsou 3,0 aa na obrátku s výškou 57 angstromů 3,6 aa na obráku s výškou 5,4 angstormů 4,4 aa na obrátku s výškou 3,0 angstromů ani jedna z uvedených možností.
Rovnice Michaelse a Mantesové má fukční tvar pravoúhlé hyperboly, má dva parametry: mezní(maximální) rychlost Vmax kterou reakce probíhá při nasycení enzymů? Sustrátem a Michelisovou konsntu Km-. Tato konstanta má hodnotu
maximální rychlosti při teplotě 37C a 1M koncentraci substrátu počáteční rychlosti reakce při saturující koncentraci substrátu koncentrace substrátu při polovině bezní reakční rychlosti ani jedna z uvedených možností koncentraci substrátu, při níž je rychlost enzymové reakce polovinou rychlosti maximální.
Čistě ketogenní metabolismus mají Izoleucin Lysin Valin.
Pro mastné kyseliny platí mastné kyseliny jsou karboxylobé kyseliny s převážně krátkými řetězci mastné kyseliny mohou obsahovat jednu nebo více dvojných vazeb dvojné vazby mastných kyselin v buňkách jsou obvykle v poloze trans mastných kyselin jsou amfifilní molekuly, které ve vodě tvoří micely.
Pro beta oxidaci mastných kyselin platí před oxidací jsou masté kyseliny převáděny na své acylkoenzymy A v procesu vyžadujícím ATP mastné kyseliny jsou přenášeny do mitochondrií jako estety kreatinu uvnitř mitochondriální matrix jsou mastné kyseliny převáděny zpět na acyl- CoA beta oxidace mastných acyl-CoA probíhá po tříuhlíkatých podjednotkách.
Karnitin je zásadní pro přenos mastných kyselin do mitochondrie z cytosolu meziprodukt Krebsova cyklu meziprodukt glyoxalátového cyklu.
UDP glukóza je meziproduktem odbourávání glykogenu metabolismu purinů odbourávání galaktózy glykolýzou izomerace pentózofosfátové dráhy syntéza glykogenu.
Pro syntézu mastných kyselin je potřeba acetyl-CoA. V cytoplazmě přímo vzniká při reakci citrát lyázy citrát syntázy jablečného enzymu.
Čistě glukogenní metabolismus mají aminokyseliny leucin isoleucin alanin.
Správné tvrzení: fosfolipáza A1 štěpí C1-C2 vazbu na glycerolu fosfolipáza A2 štěpí C1-C2 vazbu na glycerolu působením fosfolipázy D vzniká kyselina fosfatidová působením fosfolipázy C vzniká lysofosfolipid .
Makroergní sloučeniny: kreatinfosfat NADH fosfoenolpyruvát 3- fosfoglycerová kyselina 1,6- fruktosa-bifosfát GTP.
Sacharóza: je syntetizována z UDP-glukosy a fruktosa-6-fosfátu je syntetizována z CDP-glukosy a fruktosa-6-fosfátu.
Co reguluje citrát alosterická aktivace – malonát dehydrogenázy alostericka regulace ještě jednoho enzymu regulace pentozofosfátové dráhy regulace vstupu glukózy do jater .
Pro glykoylzu platí při degradaci glukozy u na dvě molekuly pyruvátu vzniká 6molekul ATP v přípravné fázi jsou nvestovány 3 molekuly ATP zahrnuje celkem 10 enzymaticky katalizovaných kroků celková reakce je: glukoza+2NAD+ +2ADP +2Pi=2NADH+ 2pyruvát+2ATP+2H2O+ 4H+.
Pro laktátovou fermentaci platí pyruvát je při ní přeměnovám na acetyl CoA je jednokroková, reakci kataylzuje laktátdehydrogenáza při reakci je reoxidováno NADH, potřebné pro šestou reakci glykolýzy nezbytným kofaktorem reakce je thiaminpyrofosfá.
Pro syntézu choresteloru platí vychází z malonyl- CoA meziproduktem je mevalonát meziproduktem je izopentenylpyrofostát vedlejším produktem je pyridoxal- 5- fosfát.
ATP v glykolýze vzniká při reakci hexokinázy fosfofruktokinázy pyruvátkinázy.
Součástí multienzymatického komplexu je Hexokináza Aldoláza β-ketoacyl-ACP-reduktáza.
NADPH se tvoří při reakci Glukózo-6-fosfát-dehydrogenázy Hexokinázy Glyceraldehyd-3-fosfát-dehydrogenázy Laktonázy.
Pentózofosfátový cyklus Při oxidačních reakcích vzniká NADPH.
Které tvrzení o mechanismu pyruvátdekarboxylázy je pravdivé substrát je dekarboxylován po připojení na lipoyllisylové raménko substrát je dekarboxylován po připojení na TPP??? THF??? lipoyllisilové raménko je po odevzdání acetyl-CoA redukované a musí se oxidovat lipoyllisilové raménko je po odevzdání acetyl-CoA oxidované a musí se redukovat po přenosu meziproduktu na CoA (za vzniku acetyl – CoA) se uvolňuje lipoyllysylové rameno v redukované formě a musí být reoxidováno.
Isocitrátlyáza katalyzuje dehydratací isocitrátu na cis akonitát dekarboxylaci isocitrátu na oxoglutarát štěpení isocitrátu na sukcinát a oxalacetát štěpení isocitrátu na sukcinát a glyoxylát štěpení izocitrátu na oxalacetát a pyruvát.
Do močovinového cyklu vstupuje: aspartát fumarát .
Pro hexokinásovou reakci platí v reakci se uplatňuje katalýza kovovými ionty nezbytným kofaktorem je NAD+ reakce má výrazně negativní hodnotu volné energie a glykolýzy hexokináza je aktivována svým produktem glukoza – 6-fosfát .
Kriterium kcat/Km je vhodné použít pro charakterizaci katalytické „dokonalosti“enzymu (uvažujme enzym řídící se kinetikou Michaelise a Mentenové) kcat/Km má stejný rozměr jako číslo obratu, platí ale v oblastech nízkých koncentrací substrátu NE kcat/Km dosahuje maximální hodnoty, když k2 >> k -1, neboli když reakce rozpadu ES na E+P je nesrovnatelně rychlejší než reakce rozpadu ES na E+S ANO kcat/Km dosahuje maximální hodnoty, když k2 >> k -1, neboli když reakce rozpadu ES na E+P je nesrovnatelně rychlejší než zpětná reakce E+P na ES NE (protože to je k-2, ne k-1) kcat/Km limituje u „dokonalých“ enzymů ke k1, tedy k rychlostní konstantě reakce tvorby ES z E a S Kcat/Km - pokud je k2 >> k-1 tak se blíží ku k1: ANO?ak platí, že Kcat/Km=k1, což je rychlostní konstanta pro tvorbu ES. Podmínka pro S je asi, že S >> Km.
Máme za úkol změřit počáteční rychlost enzymatické reakce za různých podmínek, abychom spočítali hodnoty Vmax a Km. Po měření počáteční rychlosti musí být splněny podmínky: v reakční směsi jsou přítomny saturující koncentrace alosterických regulátorů enzymu měření musí proběhnout v intervalu, kdy koncentrace ES roste, aby bylo možno měřit rychlost vzniku ES měření musí proběhnout v intervalu, pro který platí d(ES)/dt = 0 měření musí proběhnout za podmínek, kdy S je blízká hodnotám v t=0
.
Bohrův efekt: nenastává při navázání CO souvisí s uvolněním H+ při navázání CO2 uvolnění H+ z koncových COOH změnou konformace konce uvolnění H+ při navázání O2 v důsledku zrušení některých iontových vazeb histidin.
Delta G může být ovlivněno změnou teploty změnou pH změnou rovnovážné konstanty reakce změnou koncentrace E změnou aktivity enzymů změnou koncentrace substrátu změnou koncentrace enzymu.
Glykogenfosforylasa je přímo aktivována glykogenfosforylasou kinasou je inhibována fosfoproteinfosfatasou I je přímo aktivována vysokou hladinou cAMP je aktivována Ca2+.
Vnitřní mitochondriální membrána: je nepropustná pro NADP, redukční ekvivalenty jsou předávány na první komplex z vnější strany membrány je nepropustná pro NADP, redukční ekvivalenty jsou předávány prostřednictvím transportních cyklů nepropustná pro ATP. to pak musí byt transportováno na účet membránového potenciálu vnitřní membrány nepropustná pro ATP, takže ATP musí byt vyměněno za ADP cytosolickým .
Metabolismus serinu: Serin je glukogenní, neboť poskytuje při odbourávání pyruvát. Serin je ketogenní, neboť poskytuje při odbourávání acetaldehyd. Serin – hydroxymethyltransferáza využívá jako koenzym pyridoxal-fosfát. Serin-hydroxymethyltransferáza využívá jako koenzym thiamin-difosfát. serin-hydroxymethyltransferáza má jako kofaktor NAD+.
Alanin má pKa 9.87 a 2.35. při pH (asi) 12 platí: alanin bude zcela ionizován bude putovat v elektrickém poli při pH 2.38 putuje ke kladné elektrodě při pH 9.87 část ke kladné a část k záporné při pH 7 neputuje v elektrickém poli.
Oxidace glukosy poskytne 36 až 38 ATP, předpokládejme, že je to 36 ATP – rozhodněte, jestli výtěžky souhlasí: pyruvát -> 15 ATP fruktosa-1,6-bisfosfát -> 38 ATP fosfoenolpyruvát -> 16 ATP dihydroxyacetonfosfát -> 17 ATP DHAP -> 19 ATP.
|
