Co je na obrázku? Uracil a Inosin. Párování typické pro DNA. Guanin a Cytosin. Párování bází typu "wobble". Hoogsteenovo párování bází. Cytosin a Inosin Párování bází nacházené např. v tRNA a mRNA. Inosin a Adenin. Cytosin a Guanin. Uracil a Guanin.
.
Co je na obrázku?
Atypické párování Guanin-Thymin Hoogsteenovo párování Guanin-cytosin Hoogsteenovo párování Guanin-Uracil Typické párování Guanin-cytosin Typické párování Adenin-Thymin
Atypické párování Adenin-Cytosin
.
Co je na obrázku? Inosin a Adenin Guanin a Adenin Hoogsteenovo párování bází Párování typické pro DNA Inosin a Uracil Párování bází nacházené např. v RNA párování bází typu ‘wobble'.
Na obrázku je difraktogram paprsků X. O jaký vzorek se jednalo? Co dále platí?
Uprostřed (kde nám chybí data) by byla informace o nejjemnějších strukturních detailech. Vzorkem byly krystaly RNA. Velké skvrny nahoře a dole odpovídají nejbližším opakujícím se atomům - asi 340 pm od sebe Velké skvrny nahoře a dole odpovídají difrakci na molekulách vody - ledu. Na vzorku, který byl analyzován, dochází k rozptylu hlavně na těžkých jádrech atomů fosforu. Vzorek byl heterogenní, nejednalo se tedy o krystal. Skvrny okolo středu do tvaru písmene X značí, že se jedná o spirálovitou molekulu Vzorkem byla vodorovně uspořádaná vlákna DNA v konformaci B. Paprsky X jsou rozptylovány hlavně lehkými jádry atomů vodíku. Čím jsou skvrny od sebe vzdálenější, tím dále od sebe jsou i atomy, ze kterých se paprsky rozptylovaly.
Prohlédněte si shora molekulu DNA. Co pro ni platí? Cukry zde mají kofiguraci C3'-endo. Glykosidická vazba je zde vždy v poloze syn Je to nejběžnější konfromace v aktivních buňkách Cukry zde mají kofiguraci C2'-endo. Fosfátové skupiny míří do vnitřní dutiny. Jde nejspíš o konformaci B
Tato konformace má patra bazí kolmá na osu dvoušroubovice. Jde nejspíš o konformaci A. Molekula RNA by měla podobnou konformaci. Vyskytuje se pouze ve vysoké koncentraci iontů Mg2+.
Která tvrzení o kyselině trihydrogenfosforečné jsou správná? její molekula má tvar téměř pravidelného čtyřstěnu její molekula má tvar téměř pravidelného trojbokého jehlanu Nikdy se nevyskytuje v proteinech v dvojvláknové DNA je chráněna před molekulami vody díky ‘stacking’ interakcím V DNA váže glykosidickou vazbou dusíkaté báze ve vodě disociuje a pak nese záporný náboj v RNA se většinou váže na C2’ uhlík je přítomna v DNA i RNA.
Co je na obrázku? A co dále platí? (obrázek bohužel nemám -> zkuste si pamatovat odpovědi)
Uracil Cytosin Kdyby byla místo jedné keto skupiny amino skupina, byl by to Uracil. 5-Methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione Pyrimidinová báze. Jde o běžnou součást RNA. 2-Methylpyrimidine-3,5(1H,4H)-dione Tato molekula se váže methylovou skupinou na deoxyribosu Thymin Kdyby nebyla báze methylována, byl by to Cytosin.
Co platí o nejčastějších dimerech thyminu? Vznikají při expozici DNA UV záření. Vznikají při expozici DNA záření o vlnové délce 550 nm. Často obsahují cyklobutanový kruh. Patrně vynucují v DNA konformaci B. V RNA jsou vzácné kvůli jejich odbourávání nukleofilním atakem 2' OH skupiny. V konformaci A je nenacházíme. Zabraňují replikaci.
Pro velký žlábek v dvoujšroubovici DNA platí: Je definován polohou atomů fosforu a uhlíku. Je vždy snáze dostupný pro DNA-vazebné proteiny. Váže iont Ethidia Je vymezen polohou atomů C1'- osou šroubovice - C1' Váže molekulu DAPI V konformaci B do něj míří skupiny z uhlíku C4 pyrimidinů. V konformaci B do něj míří skupiny z uhlíku C6 purinů.
Podívejte se na cyklický peptid, domyslete si atomy vodíku. Co platí? (Aminokyselinu "Z
nemusíte znát.) - obrázek není - Ve struktuře je L-glycin Sekvence: ...VZLYPFFNDY... Sekvence: ...VZLYPYYNDF... Ve struktuře je Lysin. Ve struktuře je L-valin. Ve struktuře je D-leucin. Sekvence: ...VZLWHFFNDW... Ve struktuře je D-fenylalanin. Ve struktuře je L-fenylalanin. Sekvence: ...VZLYHFFDNY...
Co platí o absorpčním a emisním světelném spektru osamocených atomů a iontů? Každý prvek má jiné spektrum Jednotlivé linie ve spektru odpovídají energii přechodu elektronu (E=h.f) mezi hladinami. U atomů vodíku sahá spektrum i do UV a infračervené oblasti. Spektrum se dá pozorovat pouze pomocí velmi citlivého spektrofotometru Některé prvky mají stejná spektra, protože mají stejné hladiny obsazované valenčními elektrony. Jednotlivé pásy odpovídají přechodu protonů do vyšších energetických hladin V emisním spektrum "chybí" několik úzkých pásů V absopčním spektrum "chybí" několik úzkých pásů. Spektrum vodíku se podobá spektru jakéhokoli rozžhaveného tělesa.
Která chemická skupina v postranním řetězci patří ke zmíněné aminokyselině? - obrázek opět chybí - Karboxyl -> Glu Sekundární amin -> Lys Sekundární amin -> Pro Karboxyl -> Gly Guanidin -> Arg Thiol -> Cys Karboxyl -> Gln Karbonyl -> Leu Indol -> Trp Ethyl -> Cys.
52. Podívejte se na obrázek a označená místa. Co platí? (nesehnala jsem bohužel použitelný obrázek) 01=překryv orbitalů s-p. 01=překryv orbitalů sp2-s 04=jednoduchá vazba sigma Na obrázku je ethan 03=dvojná vazba pí (tvořena překryvem horních i dolních laloků) 02=překryv orbitalů sp-sp Na obrázku je acethylen Na obrázku je ethylen (ethen) 03=jednoduchá vazba pí (tvořena překryvem horních i dolních laloků). 02=překryv orbitalů sp2-sp2.
Peptidová vazba v proteinech. Co platí? Je vždy v konfiguraci trans. Umožňuje volnou rotaci mezi C=O a N-H. U glycinu je stejně často v konfiguraci cis a trans. Je vždy v konfiguraci cis před prolinem. Má planární tvar kvůli rezonanci mezi C=O a N-H. Bývá většinou v konfiguraci cis. V konfiguraci cis má atomy Calfa-Calfa blíž, než 0.3 nm. Má tvar trojbokého jehlanu kvůli hybridizaci sp3. Popisuje ji Ramachnadranův diagram. Je vždy v konfiguraci trans před prolinem.
Který prvek v základním stavu má elektronovou konfiguraci 1s2 2s2 2p6 3s2 3p3(1,1,1)? Uhlík Kyslík Fosfor Síra.
Který prvek v základním stavu má elektronovou konfiguraci 1s2 2s2 2p2(1,1,0)? Uhlík Kyslík Fosfor Síra.
Který prvek v základním stavu má elektronovou konfiguraci 1s2 2s2 2p6 3s2 3p4(1,1,1)? Uhlík Kyslík Fosfor Síra.
Co platí o gelové filtraci? Dá se použít pro výměnu pufru Rozděluje proteiny podle molekulové hmotnosti Slouží např. k odstranění agregátů iontoměničů Proteiny při ní putují rychleji než chloridodvé ionty.
Co platí o analytické ultracentrifugace Monodisperzní látku poznáme, protože vytváří jednu zónu nebo jedno plynulé rozhraní v kyvetě Gradienty CsCl se nemusí předem chystat, vytvoří se v kyvetě při velkém zrychlení sám pokud naléváme hustotní gradient, můžeme použít dvě spojené zásobní nádoby s různou hustotou náplně Gradient CsCl a centrifugace do rovnovážného stavu slouží pro detekci různých molekul, které se liší hlavně podle hustoty.
Na čem je založena biuretová reakce? Kčemu se její modifikace používá? Koordinace iontů Cu2+
stanovení koncentrace proteinů, výhodou je malý vliv jejich sekvence.
Obrázek znázorňuje Různou relaxaci molekul v okolí fluorescenční aminokyseliny Fluorescenční spektrum tryptofanu v různě polárním prostředí.
Sekundární struktura proteinů. Co platí? Stabilizují ji vodíkové můstky mezi C=0 a N-H skupinami. Dá se popsat pomocí dihedrálních úhlů chí a omega Je nejčastěji beta-helix. Tvorbu nejpohyblivějších motivů umožňuje serin a prolin. Je například alfa-helix. Ovlivňuje CD spektrum Stabilizují ji vodíkové můstky mezi postranními řetězci. Dá se popsat pomocí dihedrálních úhlů fí a psí. Tvorbu nejpohyblivějších motivů umožňuje glycin. Je prostorově omezená kyslíkem C=0 a vodíkem N-H.
Co je to palindrom v souvislosti s DNA? Které sekvence jsou palindromem? Místo, které bývá methylováno restrikčními enzymy v bakteriích AAATATTT CGCGCG AAAAAAAA Sekvence, která se čte od 5' konce k 3' konci jednoho vlákna stejně, jako od 5' konce k 3' konci na
komplementárním vlákně. GAATTC Sekvence rozpoznávaná exonukleázami Sekvence nukleotidů na jednom vlákně, která je shodná při čtení od 5' konce k 3' konci a 3' konce k 5'
konci. Sekvence, která může tvořit vlásenku na jednom vlákně GAATCGATTG.
|
